Los Carmelitas llegaron a Antequera el día 19 de octubre de 1513. En concreto, los primeros frailes fueron Fray Juan Ortega y Fray Agustín. Comenzaron a buscar sitio para fundar el convento y el Cabildo les concedió una ermita llamada de San Sebastián, hoy desaparecida, que estaba situada en la calle Fresca. La Orden tuvo que abandonar la localidad tras la desamortización de Mendizábal.
Mucho tiempo después y tras el regreso de la orden a Antequera al finalizar la Guerra Civil, los carmelitas habían instalado una pequeña escuela primaria en un local anejo a la Iglesia del Carmen, del siglo XVII, que entonces regentaban como parroquia. Aquella primera escuela adosada a la Iglesia del Carmen, poco después, tomó entidad en el viejo colegio de la calle Cuesta de Barbacanas, que siguió funcionando como Primaria durante bastantes años. Hoy aquel colegio es casa residencial.
En la actualidad el colegio, cuya creación tuvo lugar en 1950, está situado en el Palacio de los Marqueses de Peña de los Enamorados, del siglo XVI y construido bajo los cánones del mudéjar y el renacentismo.
Este edificio es uno de los más significativos entre los de carácter civil de Antequera. En él residió durante siglos la familia de los Rojas, cuyo ascendente más lejano en esta ciudad fue don Martín de Rojas Manrique, que participó en la conquista junto al Infante Don Fernando.
El edificio fue adquirido en 1947 por el padre Dionisio Nogales, ante la demanda de muchos padres antequeranos de tener un colegio de Enseñanza Media para sus hijos.
El título de Marqués de la Peña de los Enamorados le fue concedido a su descendiente Don Jerónimo Francisco de Rojas a mediados del siglo dieciocho. La influencia de esta familia en la vida de la ciudad fue muy grande hasta el siglo diecinueve. Señalamos el detalle significativo de la estancia en este palacio de toda la familia real durante la visita de la reina Isabel Segunda a Antequera en 1862.
En el aspecto arquitectónico, la fachada de ladrillo del edificio responde al modelo de alcázar urbano castellano, torreado en las esquinas, pero en él se combinan formas y volúmenes del mudéjar andaluz. Su construcción corresponde a la segunda mitad del siglo dieciséis, aunque su actual aspecto dista bastante del que ofreciera en principio debido a distintas reformas, siendo particularmente importantes las obras efectuadas entre 1947 y 1949 para convertirlo en Colegio e internado de los Padres Carmelitas.
Interiormente conserva muy poco de su disposición primitiva debido al incendio sufrido durante la guerra civil. El patio sólo tiene tres alas de columnadas que presentan cada una cinco arcos de ladrillo sobre columnas toscanas de caliza roja del Torcal. El segundo cuerpo se ve coronado por un petril de celosía de barro. El edificio fue rehabilitado entre 2008 y 2019.
Por otro lado hubo un Colegio Nuestra Señora del Carmen situado en la calle Santa Clara número 44 y regido por Rosario Machuca Ruíz, aprobado en enero de 1925 y que no parece tener relación con los carmelitas.
