Su periodo fundacional es el comprendido entre los años 1917 y 1924, con dos subperiodos el de 1917-1918 caracterizado por la maduración de la primigenia idea y la tramitación del proceso administrativo tendente a su reconocimiento legal, regulado en los arts. 148-155 de la vetusta Ley de Instrucción Pública de 9 de septiembre de 1857, y el de su materialización entre 1918-1924 con implantación progresiva de la docencia y la salida de la primera promoción de bachilleres.
Al P. Teodoro Rodríguez Fernández (1864-1954) se le considera como el fundador del Colegio San Agustín de Málaga por su condición de Provincial de la Orden.
En el Capítulo intermedio celebrado en El Escorial en julio de 1917 se tomó la decisión de fundar un colegio en Málaga y antes del 15 de agosto ya se habían desplazado a nuestra ciudad los PP. Valentín Pérez Arnáiz (1868-1938), Antonio Cano Sánchez, Miguel Barrera Catalá (n. c. 1864), Ambrosio García Hidalgo (n. 1880) y Anselmo Ruiz Cano (n. c. 1868) con el objetivo de implantarlo.
Inicialmente se alojaron en el número 3 de la calle Ríos Rosas (actual Cañón) en espera de que se resolvieran cuestiones muy sustanciales: que el obispado adquiriera el edificio ocupado por las Casas Consistoriales en la calle San Agustín 9, que se lo entregara a la Orden Agustiniana, que el cabildo municipal desalojara el viejo caserón y que éste se adaptara a su nueva función de claustro conventual y centro docente.
Los trámites estrictamente administrativos comenzaron el 31 de agosto de 1918 con una instancia del P. Pérez Arnáiz dirigida al director de Instituto General y Técnico, que en aquel momento era don Luis Muñoz-Cobo Arredondo, solicitándole autorización para la apertura e incorporación legal al Instituto del «Colegio que los PP. Agustinos proyectan instalar en el edificio que actualmente ocupa el Excelentísimo Ayuntamiento de esta ciudad». El expediente se completaba con los siguientes documentos: partida de bautismo y certificado de penales de la persona física peticionaria, en este caso el director del centro; certificado de la Academia de Bellas Artes de San Fernando sobre higiene y seguridad con fecha 30 de agosto de 1918; informe de la Inspección de Sanidad relativo a si las condiciones se adaptaban a las requeridas para un colegio expedido en fecha 9 de septiembre de 1918, planos firmados el 30 de agosto de 1918 por el arquitecto Fernando Guerrero Strachan y folleto informativo conteniendo el reglamento; estos dos últimos documentos fueron visados por don Alfonso Pogonoski Martín, el vice-director del Instituto, el 8 de octubre de 1918.
Incluía el expediente la siguiente propuesta de profesorado: P. Valentín Pérez Arnáiz, licenciado en Filosofía y letras (Lengua Castellana y Religión de 1º curso), P. Restituto del Valle Ruiz, Licenciado en Filosofía y letras, P. Marcelino Arnáiz Hortihuela, Licenciado en Filosofía y letras, P. Eudoxio Pérez Pascual, Licenciado en Ciencias (sección Física), P. Domiciano Seco Arrizabalaga, Licenciado en Ciencias (sección Química), P. Arturo Cano Landáburu (Nociones y ejercicios de aritmética y geometría), P. Ambrosio García Hidalgo (Geografía General y de Europa) y P. José Crespo Fernández (Caligrafía). El expediente de sometió a exposición pública con su publicación en el Boletín Oficial de la Provincia del día 21 de septiembre de 1918 y al no existir objeciones el expediente quedó resuelto el 17 de octubre al ser reconocido como centro docente e incorporado al Instituto de Segunda Enseñanza. Es evidente lo ambicioso con que fue diseñada esta nueva institución educativa.
La reforma del inmueble se efectuó de acuerdo con lo proyectado por Guerrero Strachan: en la planta baja portería, despacho del director, sacristía, dos aulas, cocina, despensa y retretes; en la principal tres aulas, dos comedores, dos retretes, office, azotea y la Tribuna y en la segunda cuatro dormitorios, dos retretes y lavabos, laboratorio, gabinete de física y biblioteca.
El edificio es de origen conventual fundado en el siglo XVI y situado en el corazón del casco histórico de la ciudad de Málaga.
Tras los luctuosos sucesos acaecidos en mayo de 1931 y años siguientes se retomó la actividad docente en 1936 hasta 1972, año en el que todos los alumnos que quedaban pudieron trasladarse al nuevo colegio de Los Olivos fundado en 1968. El edificio fue vendido a la Diputación de Málaga en 1974 que lo destinó a Facultad de Filosofía y Letras. Tras años de abandono, en la actualidad (2022) está siendo rehabilitado para sede de la Biblioteca Pública del Estado.
Colegio San Agustín (1864)
Con anterioridad, está constatada la existencia de otro colegio San Agustín, sin aparente relación con los padres agustinos. En 1864 estaba ubicado en la calle Císter número 3, y estaba a cargo de Francisco de Asís Abela Spiteri, catedrático de Latín del Instituto Provincial de Málaga (Gaona). Desde 1866 hasta 1880 estuvo en un edificio contiguo al palacio de Villalcázar, en la calle Cortina del Muelle.
Cabe reseñar que este colegio era uno de los pocos autorizados en 1864 a impartir segunda enseñanza en la provincia de Málaga. Los otros eran el propio Instituto Provincial, el Colegio de Escuelas Pías de Archidona, el Colegio de la Virgen de la Cinta y el Colegio de San Luis Gonzaga de Antequera.
En el curso 1864-65 cursaron estas enseñanzas en la provincia de Málaga un total de 522 alumnos, de los cuales 36 estaban matriculados en este colegio y 31 estudiaban en la “enseñanza doméstica”.
Por otra parte, un colegio con el nombre de San Agustín, sin relación aparente con el anterior, habría estado ubicado en la calle Montaño número 2, esquina con calle Peña hacia 1906, que impartía enseñanza primaria elemental y estaba a nombre del presbítero Federico Arjona Rico. De acuerdo con los planos, ocuparía la última planta de un edificio aún existente.
