La escuela graduada Luna Pérez de Antequera es hermana de la también graduada Romero Robledo. De hecho sus historias transcurrieron paralelas hasta la extinción de la primera en 1973, al quedar integradas sus cinco unidades escolares o secciones en el recién creado Colegio Nacional San Juan.
El 3 de octubre de 1917 el Ayuntamiento de Antequera acordó solicitar al Ministerio de Instrucción Pública la graduación de tres escuelas nacionales, dos de niños y una de niñas. Eran la de Antonio Muñoz Rama, futura Luna Pérez, la de Mariano Bartolomé, que posteriormente se denominaría Romero Robledo, y la de niñas, la de la maestra Dolores Ruiz Castilla. Esta última no prosperó.
Posteriormente, en mayo de 1919 el Ayuntamiento solicitó también la graduación de la escuela de Joaquín Vázquez Vílchez, que daría lugar a la graduada León Motta.
Más conocida como la escuela de las huérfanas se llamaba así porque estaba ubicada en el antiguo edificio que ocupó el Colegio de la Purísima Concepción de Niñas Huérfanas, fundado en 1712, y que fue trasladado a la calle Carreteros en 1730.
El 1 de mayo una Real Orden transforma en graduada la unitaria anterior y el 20 de septiembre de 1920 es ratificado su nombre y designado su primer director don Antonio Muñoz Rama, que continuaba siéndolo en 1936. En esa fecha la escuela destacaba por su color blanco de sus paredes y su espíritu conventual, con patio de arcadas y galerías, y su amplia escalera.
Se habla de esta graduada como un edificio con amplios salones para las clases, que tenía varios patios y se le garantizaba “una limpieza de detalle minuciosa” en consonancia con sus alumnos, que llevaban baberos blancos.
Curiosamente, en esa época los alumnos estudiaban sericultura, y para ello el colegio contaba con un amplio jardín de moreras para impartir el curso teórico-practico del cultivo del gusano de seda.